Те,що колір впливає на діяльність Центральну нервову систему, у світлі вищевикладених експериментальних даних є безсумнівним. Проте в різниие від вегетативної нервової системи, на яку колір надає безумовне вплив, взаємозв’язок між кольором і центральною нервовою системою (ЦНС) людини являє більш складну картину. Якщо для ВНС колір — це, насамперед, кванти енергії, що надходять в організм із зовнішнього світу, то для ЦНС, колір, якщо можна так висловитися, — і квант інформації про навколишній світ.

Завдяки певних відділів ЦНС, у людини формуються колірні відчуття, а інтегративна діяльність ЦНС забезпечує функціонування колірного сприйняття і більш складні форми обробки інформації. Специфічні ураження Центральної нервової системи можуть призвести до втрати людиною здатності сприймати кольору частково або повністю, т. зв. колірної агнозії . Розрізняють власне колірну агнозию і колірну сліпоту або дефекти кольоровідчуття. Власне колірна агнозия не виключає кольоровідчуття та правильного розрізнення окремих кольорів. Але хворі з колірною агнозією нездатні, розв’язувати задачі з колірної класифікації, предметної віднесеності кольору. Наприклад, вони не можуть сказати, який колір апельсина, моркви і т. д. Колірна агнозия має центральне походження. При колірної сліпоти спостерігається або тотальне, або парціальний відсутність цветоразличения. Цей дефект може мати як периферичне походження (ураження сітківки), так і центральне, зокрема, при ураженні 17 поля потиличної кори головного мозку. Таким чином, вплив кольору на Центральну нервову систему, з одного боку, опосередковано діяльністю її колірного аналізатора, (специфічний інформаційний канал), а з іншого — ВНС (неспецифічний енергетичний канал).