У зв’язку з тим, що наукове знання має двоїсту логіко-емпіричну природу, наукові докази також поділяються на логічні й емпіричні. Це разлиробітники, звичайно, не ново. Воно досить докладно описано і у вітчизняній філософській літературі.

Однак, як вже говорилося, в російській соціології радянського періоду склалася парадоксальна ситуація, при якій методологічна концепція, закладена в основні підручники та навчальні програми Вузів, існувала в повному відриві від методологічних поглядів і дискусій, які розвивалися за межами її дисциплінарних рамок.Відмінність між логічними та емпіричними доказами можна проілюструвати на прикладі загальновідомих математичних теорем.Теорема Піфагора доведена, як відомо, логічно.

Емпіричне її доказ полягало б у здійсненні вимірів сторін і площ трикутників за допомогою вимірювальних інструментів. При цьому з усією гостротою постали б добре відомі проблеми похибок вимірювальних процедур, а також питання про правомірність поширення знайденої емпіричної залежності на всі види трикутників (в межах тільки емпірії ця проблема не має рішення). У зв’язку з цим емпіричні докази з точки зору математиків, можуть розглядатися лише як ілюстрації логічних. Так, істинність відомої теореми Ферма емпірично можна вважати доведеною, оскільки нині вона прорахована на комп’ютерах до астрономічних величин; тим не менш, це доказ не приймається в розрахунок, оскільки її логічне рішення досі не знайдено. Подібні проблеми виникають у природничих та соціальних науках, про що буде сказано нижче.

Далі, існує відмінність між емпіричною перевіркою фактів (протокольних висловлювань) і перевіркою концепцій. При сприятливих умовах якесь фактологічний висловлювання може бути перевірено і тим самим «доведено», однак це аж ніяк не тотожне доказу концепції. Між доказом і тим, що доводиться, повинна існувати свого роду відповідність: апріорні логічні схеми доводяться апріорно, фактологічні затвердження (наприклад, наявність або відсутність певної події) — емпірично, а синтетичні концепції повинні спиратися на синтетичну (логіко-емпіричну) систему обґрунтувань.

Специфіка синтетичних концептуальних схем полягає в тому, що вони, на відміну від аксіоматичних апріорних конструкцій, так і від фактологічних тверджень, не можуть бути строго доведені або спростовані. Причина цього полягає в тому, що в рамках чистих логічних операцій зміни у складі аксіом є забороненою операцій, доводить хибність початкової конструкції, тоді як у синтетичних концепціях зміни у вихідних посилках (або в різних «лемах») є правомірним кроком, збільшує пояснювальну силу концепції.

Помилка позитивістської методології полягає, отже, у неправомірному перенесення на сферу синтетичних наук принципів апріорно-логічних і фактологічних доказів. У синтетичних науках і логічні операції, і фактологічні затвердження зберігають статус аргументів, які, однак, не є підставою для негайного жорсткого розмежування концепцій на істинні і помилкові.